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Esta categoría representa la mayoría de aspirados con aguja fina, las proporciones de series diferentes varían de 50% a 75%. Entre un 60% a 85% de aspirados negativos son obtenidos de nódulos dominantes en una hiperplasia nodular o nódulos dominantes en un bocio no tóxico. Las muestras negativas restantes son obtenidas de otras lesiones benignas, tales como quistes, lesiones inflamatorias (p.ej, tiroiditis), o adenomas claramente identificables ( a pesar que la mayoría de los citopatólogos agrupan los adenomas como sospechosos).
Debido a que la sensibilidad del aspirado con aguja fina de tiroides es alta, la mayoría de los nódulos con resultados negativos no justifican la escisión quirúrgica. Un aspirado negativo sin embargo no es conclusivo de ausencia de malignidad, particularmente porque el aspirado con aguja fina tiene una tasa de falsos negativos entre 1% y 11%. Si la sospecha clínica persiste, se recomiendan otras investigaciones y/o escisión quirúrgica. También es práctica actual que aun los nódulos benignos con poca o ninguna sospecha clínica sean seguidos, frecuentemente con otros aspirados con aguja fina antes que el paciente sea dado de alta.