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Um dos diagnósticos mais complexos na região da cabeça e pescoço é o das lesões císticas. Em sua maioria os cistos benignos (cistos fissura branquial, cisto medial) são revestidos por epitélio escamoso, ao qual facilmente se superpõe inflamação. São observadas células escamosas superficiais e intermediárias às vezes com alterações reativas (citoplasma anfofílico, núcleo grande e nucléolo volumoso, etc.), e cristais de colesterol. Atipia celular leve está quase sempre presente como um sinal de irritação e inflamação, mas não se devem encontrar critérios definitivos de transformação maligna: não existe irregularidade de forma ou núcleo extremamente grande, em comparação ao tamanho do citoplasma, não há granulações grosseiras da cromatina e figuras de mitose.
É alta a ocorrência de Carcinoma de células escamosas metastático em linfonodos cervicais. Nesta área anatómica estes tumores metastáticos, assim como alguns grandes Carcinomas primários de células escamosas, frequentemente sofrem liquefação, o que resulta em uma lesão pseudocística que contém células atípicas seja do Cracinoma escamoso ceratinizante ou não ceratinizante. Estes tumores são, por vezes, bem diferenciados, casos em que podem mostrar similaridade para as células irritadas de um cisto lateral, acima mencionado. O fluido em si, em ambos os casos é muito semelhante ao conteúdo purulento de um abcesso, o que explica a razão para não seja enviado para um laboratório para diagnóstico citopatológico pelo clínico!
