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Uno de los diagnosticos más complicados en la region de la cabeza y cuello son las lesiones quísticas. La mayoría de los quistes benignos (quistes de las hendiduras branquiales, quistes de la línea media) estan recubiertos por epitelio escamoso, muchos fácilmente pueden sufrir un proceso inflamatorio. Los quistes de las hendiduras branquiales generalmente se localizan en la línea del músculo esternocleidomastoideo, pero pueden verse en cualquier localización de la cabeza y el cuello. No es raro verlos en la parótida. Usualmente son remanentes congénitos.
La presencia de carcinoma escamocelular metastásico en los ganglios linfáticos cervicales es alta. Estos tumores, asi como algunos tumores escamosos primarios de gran tamaño, con frecuencia sufren cambios de necrosis de licuefacción en esta área anatómica, dando la apariencia de una lesión pseudoquística con celulas escamosas cancerígenas atípicas queratinizantes o no queratinizantes. Estos tumores a veces son bien diferenciados, en este caso muestran caracterissticas similares a las células “irritadas” del quiste lateral. El fluido que se obtiene en ambos casos es similar al contenido purulento de un absceso, razón por la cual el clínico no envía este material al laboratorio para diagnóstico.