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La neumonía por N. Carinii es común en pacientes inmunocomprometidos (pacientes VIH positivos), usualmente se presenta radiográficamente como infiltrados pulmonares bilaterales.
El microorganismo puede demostrarse en el material de BAL, así como en lavados bronquiales y esputo inducido.
Con las coloraciones de Papanicolau, se observan masas de microorganismos embebidos en un material proteinaceo de color verde y en moldes alveolares espumosos. Los quistes se tiñen con coloraciones de plata; son estructuras en forma de copa, de 5-7µm de diámetro, con una zona central oscura. Con la coloración de Giemsa se tiñen los cuerpos intraquisticos o trofozoitos como puntos azules. Los organismos también pueden observarse en los macrófagos vacuolados. La inmunofluorescencia directa realizada en el material de esputo inducido es de gran ayuda.