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Las infecciones pulmonares por hongos son fácilmente diagnosticadas por citología; generalmente se presentan en pacientes inmunocomprometidos. Siempre se deben sospechar cuando se observa inflamación granulomatosa, algunas veces acompañada por neutrófilos. Bloques celulares pueden utilizarse para realizar coloraciones especiales de Plata o PÂS (acido peryódico de Schiff). Muchos hongos tienen estructuras características que permiten hacer un diagnóstico específico.
Algunas infecciones pueden comprometer el pulmón como la Criptococosis, Histoplasmosis, Coccidioidomicosis, Aspergilosis y Candidiasis.
La aspergilosis broncopulmonar se caracteriza por la expectoración de tapones de moco que contienen abundantes estructuras micóticas (aparecen como hifas septadas o cuerpos frutiformes en cavidades), se observan abundantes eosinofilos y cristales de Charcot-Leyden.
La neumonía por Cándida es una infección oportunista común. Los hongos aparecen como esporas en gemación formado pseudohifas.
El Actinomyces, que se caracteriza por sus filamentos radiados, también puede aparecer en el BAL debido a contaminación oral.
