Na pozadí homogenní cystické tekutiny bývá zastižena heterogenní populace buněk lymfoidní řady. Cysta může být vystlána dlaždicovým epitelem. Cytologie AIDS asociované lymfoepiteliální cysty je stejná. Důležité je uvědomit si, že v tom případě cystická tekutina obsahuje velkou nálož virových částic.